2026 공동명의 1주택 종부세 특례, 9억×2와 12억·80% 선택법
50대50 공동명의라면 각자 9억원 공제가 먼저 유리할 수 있고, 고령·장기보유 공제가 크면 12억원 특례가 뒤집을 수 있어 9월 16~30일 전 두 방식의 세액을 비교해야 합니다.
2026년 부부 공동명의 1주택 종부세 특례 신청기간은 9월 16일부터 9월 30일까지입니다. 50대50 지분이라면 미신청 시 각자 9억원씩 공제받지만, 특례를 택하면 주택 전체에서 12억원을 공제한 뒤 지정한 배우자의 연령·보유기간 세액공제를 최대 80% 적용합니다. 따라서 특례라는 이름만 보고 신청하지 말고 두 계산 결과가 작은 쪽을 골라야 합니다.
2026 공동명의 특례 변화
가장 큰 변화는 납세의무자 선택입니다. 2026년 2월 27일 시행령 개정 전에는 지분율이 높은 사람이 원칙이었지만, 지금은 공동소유 부부가 합의한 1명을 정할 수 있습니다. 2026년 3월 20일 개정 신청서에도 최초·납세의무자 변경·특례 취소 항목이 마련됐습니다. 부부의 나이와 취득일이 다르면 공제율이 높은 사람을 납세의무자로 정할 여지가 생긴 셈입니다.
공동명의 종부세 두 방식
| 납세의무자 | 부부가 지분별로 각각 납세 | 합의로 정한 배우자 1명에게 지분을 합산 |
|---|---|---|
| 기본공제 | 각자의 지분가액에서 9억원씩 | 주택 전체 공시가격에서 12억원 |
| 세액공제 | 연령·보유기간 공제 없음 | 지정 배우자 기준 합계 최대 80% |
| 핵심 주의 | 남는 9억원 공제를 배우자에게 넘길 수 없음 | 공제가 12억원으로 줄고 한 사람의 누진세율로 계산 |
| 판단 기준 | 균등지분·낮은 공제율이면 우선 비교 | 고령·장기보유 또는 지분 불균형이면 적극 비교 |

9억×2와 12억 과표 차이
현행 주택분 과세표준은 공시가격에서 기본공제를 뺀 뒤 공정시장가액비율 60%를 곱합니다. 50대50 공동명의는 각 지분이 9억원 이하인 공시가격 합계 18억원까지 미신청 방식의 과세표준이 0원입니다. 반면 특례는 합계 12억원을 넘는 부분부터 과표가 생깁니다. 아래 값은 세율·재산세 공제 전 과세표준 비교이므로 실제 납부액이 아니라 1차 선택 지표로 봐야 합니다.
50대50 지분 공시가격별 과세표준
| 15억원 | 0원 | 1억8000만원·미신청 우위가 뚜렷 |
|---|---|---|
| 18억원 | 0원 | 3억6000만원·세액공제가 있어도 먼저 모의계산 |
| 20억원 | 1억2000만원 | 4억8000만원·공제율이 낮으면 불리할 가능성 |
| 25억원 | 4억2000만원 | 7억8000만원·최종 세액 비교 필요 |
| 30억원 | 7억2000만원 | 10억8000만원·고령·장기보유 공제가 변수 |
최대 80%가 되는 조건
연령은 6월 1일 현재 만 60세 이상 20%, 만 65세 이상 30%, 만 70세 이상 40%입니다. 보유기간은 5년 이상 20%, 10년 이상 40%, 15년 이상 50%이며 두 공제는 합산하되 한도는 80%입니다. 예컨대 만 65세 이상이면서 15년 이상 보유하면 30%+50%=80%, 만 70세 이상이면서 15년 이상이면 합계 90%가 아니라 80%만 적용됩니다. 2026년에는 부부 중 누구를 지정하느냐가 이 비율을 직접 바꿀 수 있습니다.
연령·보유기간 세액공제
| 만 60~64세 | 20% | 5년 이상 보유 시 최소 합계 40% |
|---|---|---|
| 만 65~69세 | 30% | 15년 이상 보유면 한도 80% |
| 만 70세 이상 | 40% | 10년 이상 보유면 한도 80% |
| 보유 5~9년 | 20% | 연령공제와 합산 가능 |
| 보유 10~14년 | 40% | 만 70세 이상이면 한도 도달 |
| 보유 15년 이상 | 50% | 만 65세 이상이면 한도 도달 |

9월 신청 전 확인 순서
첫째, 6월 1일 현재 부부의 지분율과 주택 공시가격을 확인합니다. 둘째, 각자의 만 나이와 지분 취득일을 놓고 납세의무자 후보별 공제율을 계산합니다. 셋째, 각자 9억원 방식과 12억원 특례 방식에 같은 자료를 넣어 최종세액을 비교합니다. 넷째, 9월 16~30일에 별지 제30호 신청서와 혼인관계증명서를 관할 세무서에 제출하며, 전자신청을 이용할 경우 2026년 국세청 안내 화면을 확인합니다. 기존 신청자는 변동이 없으면 다시 신청하지 않아도 되지만, 배우자를 바꾸려면 납세의무자 변경으로 신청해야 합니다.
자주 묻는 질문
Q. 공시가격 18억원 이하이면 무조건 신청하지 말아야 하나요?
A. 50대50이고 다른 과세요인이 없다면 각 지분이 9억원 이하라 미신청 과표가 0원입니다. 다만 지분이 불균등하면 한쪽의 9억원 공제가 남아도 이전되지 않으므로 지분별 계산이 필요합니다.
Q. 부부 중 나이가 많은 사람을 선택하면 항상 유리한가요?
A. 아닙니다. 보유기간도 선택한 납세의무자 기준이고, 12억원 공제와 합산 과세의 불리함까지 함께 비교해야 합니다.
Q. 최대 80%는 과세표준을 80% 줄인다는 뜻인가요?
A. 아닙니다. 12억원 공제 후 계산한 종부세 산출세액에 적용하는 세액공제 한도입니다.
Q. 한 번 신청하면 매년 다시 해야 하나요?
A. 최초 신청 뒤 내용에 변동이 없으면 별도 신청 없이 계속 적용됩니다. 납세의무자 변경이나 특례 취소는 신청기간에 새 신청서를 냅니다.
Q. 다른 세대원이 주택을 가지면 신청할 수 있나요?
A. 원칙적으로 6월 1일 현재 부부만 공동주택 1채를 소유하고 다른 세대원은 주택을 소유하지 않아야 합니다. 부속토지도 점검 대상입니다.
Q. 일시적 2주택이나 상속주택이 있으면 어떻게 하나요?
A. 법정 요건을 충족하면 1세대 1주택자 판단 시 주택 수 제외 특례를 함께 검토할 수 있습니다. 2026 신청서 안내에 따라 별도 신청서도 제출해야 합니다.
균등지분이고 공시가격이 18억원 안팎이라면 각자 9억원 공제를 먼저 보고, 지분이 치우쳤거나 지정 배우자의 공제율이 60~80%라면 특례 계산을 반드시 나란히 놓는 순서가 안전합니다. 특히 2026년부터 납세의무자를 합의로 선택할 수 있으므로 과거 지분율 기준으로 판단하면 안 됩니다. 실제 고지세액은 재산세 공제와 세부담상한 등에 따라 달라질 수 있어, 신청 전 홈택스 모의계산이나 세무전문가 확인이 필요합니다.
📌 참고 및 출처
· 국세청 공동명의 1주택자 과세특례
· 국가법령정보센터 종합부동산세법 제10조의2
· 국가법령정보센터 종합부동산세법 시행령 제5조의2
· 국가법령정보센터 2026년 시행령 개정이유
· 국가법령정보센터 2026 공동명의 특례 신청서
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